Niscoo heeft drie fondsen: Projectenfonds, een Sprekersfonds en het Belevingsfonds.
Het Niscoo Projectenfonds heeft tot doel om nieuwe ontwikkelingen binnen de agrarische sector te stimuleren. Ook projecten die gericht zijn op verbetering van het imago van de Noordelijke landbouw kunnen voor een bijdrage in aanmerking komen. Het Niscoo Sprekersfonds wil voor groepen boeren de drempel verlagen om een onafhankelijke spreker voor een bijeenkomst in te huren.
Per fonds gelden specifieke voorwaarden, het bestuur beslist over de aanvragen.